La storia infinita è divisa in 26 capitoli, tanti quanto le lettere dell'alfabeto tedesco. Essi, infatti, oltre ad essere numerati in cifre romane ed avere un titolo, sono anche contrassegnati da un capolettera che ricorda le miniature medievali. Il libro è scritto in due colori, che distinguono le parti ambientate nel mondo degli uomini (rosso) da quelle ambientate nel Regno di Fantàsia (verde). Edizioni economiche successive non hanno conservato questa particolarità e tutto il testo è stampato in nero. L'uso delle lettere per "numerare" i capitoli ricorda, inoltre, la struttura dell'Iliade e dell'Odissea, entrambe suddivise in 24 libri in base all'alfabeto greco. Il romanzo di Ende è, inoltre, un metalibro, vale a dire un libro nel libro o, sotto un diverso punto di vista, un libro che parla di altri libri. Le storie di Bastiano e del Regno di Fantàsia s'intrecciano, incastrandosi a vicenda come scatole cinesi per le quali, alla fine, risulta difficile comprendere quale delle due contenga l'altra. Nella finzione letteraria, infatti, La storia infinita è in realtà il titolo di ben tre volumi: quello scritto dall'autore Michael Ende, in cui si raccontano le vicende del mondo degli uomini (in rosso rubino cupo) e del Regno di Fantàsia (in verde-azzurro) quello rubato da Bastiano nel negozio di antiquariato del signor Coriandoli, rilegato in pelle e con l'AURYN in copertina, in cui si raccontano solo le vicende del Regno di Fantàsia quello contenuto nella Montagna Vagante e poi riscritto dal Vecchio, speculare a quello di Ende poiché in esso le vicende del mondo degli uomini sono in verde e quelle del Regno di Fantàsia in rosso. Grazie a questa struttura, Ende riesce a infrangere la barriera che divide lettore e personaggio, poiché Bastiano passa da un ruolo all'altro nel corso della storia. In questo modo, anche il confine tra realtà e finzione risulta meno netto e, in alcuni passaggi (fra tutti, l'urlo udito da Atreiu e da Ygramul), quasi indistinto. I Fantàsia in pericolo A XIV Goab, il Deserto Colorato N II La chiamata di Atreiu B XV Graogramàn la Morte Multicolore O III La vecchissima Morla C XVI Amarganta la Città d'Argento P IV Ygramul, Le Molte D XVII Un drago per l'Eroe Inrico Q V I Bisolitari E XVIII Gli Acharai R VI Le tre Porte Magiche F XIX I compagni di strada S VII La Voce del Silenzio G XX La Mano che vede T VIII Il Paese della Mala Genìa H XXI Il Monastero delle Stelle U IX La città dei fantasmi I XXII La battaglia della Torre d'Avorio V X Il volo verso la Torre d'Avorio J XXIII La Città degli Imperatori W XI L'Infanta Imperatrice K XXIV Donna Aiuola X XII Il Vecchio della Montagna Vagante L XXV La Miniera delle Immagini Y XIII Perelun, il Bosco Notturno M XXVI Le Acque della Vita Z