Il film parte con un breve flash back che racconta la storia di Alex il leone. Alakay (il vero nome di Alex il leone) è il figlio di Zuba, leone alfa di un branco di animali in una riserva del Kenya, e di Donna, la compagna di Zuba.
Mentre il padre viene sfidato da Makunga, Alakay cade in un tranello dei bracconieri: segue una misteriosa corda che lo conduce fuori dalla riserva, in cui nessun animale osa avventurarsi, e viene rapito. Il padre tenta di recuperare il pargolo e nella lotta riesce a slegare dal furgone la cassa dove i bracconieri hanno chiuso il piccolo Alakay, ma viene ferito ad un orecchio e cade dal veicolo. Il furgone sterza violentemente e la cassa con il leoncino dentro, ormai slegata, scivola dal veicolo finendo in un fiume che sfocia nell'Atlantico. Zuba non se ne accorge e, una volta rialzatosi, continua a inseguire il furgone urlando disperatamente il nome del figliolo. La cassa con il cucciolo, nel frattempo, giunge a New York, dove viene ripescata dagli addetti all'immigrazione. Il piccolo viene portato allo zoo di Central Park, dove verrà rinominato Alex. Lì crescerà e diventerà il famoso "Alex il leone", dimenticandosi della sua infanzia in Africa.
I pinguini che avevano dirottato la nave dove gli amici di Central Park (Gloria l' ippopotama, Alex il leone, Melman la giraffa maschio e Martin la zebra maschio) si sentono colpevoli. Così decidono di partire con un vecchio rudere d' aereo intrappolato in un albero che vine fiondato in cielo. Assieme ai pinguini e ai quattro partono il re dei lemuri Julien XIII, il suo consigliere Maurice, le scimmie Phil e Mason, e Mortino che si è infiltrato nell' aereo. Non tutti hanno scopi molto simpatici : Julien infatti vuole colonizzare le nuove terre di New York.
Alla fine Skipper, il capo dei pinguini invaghitosi di una lignea statuetta di ballerina di hula, decide di attuare l' atterraggio di fortuna perché il carburante si è consumato. Credendo di morire, Melman, in balìa della follia pre-schianto, dichiara senza pensarci il suo amore a Gloria che si è addormentata improvvisamente. Alex e Martin sentono tutto ma non danno bado a questo. I quattro hanno una violenta lite coi pinguini che estraggono un coltellaccio, ma alla fine gli amici decidono di andare incontro a una vicina colonia d' animali. Sono lì in Kenya, in una riserva.
Julien e Maurice invece iniziano a governare una colonia di fenicotteri. Mortino viene invece inseguito da uno squalo anche nell' entroterra. Durante una collutazione con il leone alfa della colonia, Alex scopre che tutti e due hanno la stessa macchia su una zampa : sono infatti padre e figlio. Riconciliatosi coi genitori Alex inizia a vivere con loro. Gloria invece incontra Moto Moto, di cui si innamora. Marty incontra una colonia di zebre identiche a lui, e Melman diventa invece medico della riserva. Makunga intende sfruttare a suo favore la comparsa di Alex. Ricorda a Zuba, il padre di Alex che bisogna fare il "rito di passaggio",cerimonia in cui i leoncini si guadagnano la criniera lottando. Poi consiglia un temibile avversario (Teetsi) al figlio. Alex che crede la lotta una gara di danza viene terribilmente sconfitto, e secondo la tradizione viene bandito ed esiliato. Makunga fa piangere Zuba che si rassegna lasciando il trono, e quindi si impadronisce del trono dell' avversario zittendo e bloccando chi tenta di opporsi, ed esiliando l' ex sovrano.
Melman pensa di aver contratto un terribile morbo letale che colpisce tutti i medici e li uccide. Nel frattempo la vecchina che aveva ostacolato la fuga di Alex nel precedente episodio si trova invece in safari in Kenia con altri newyorkesi. I pinguini hanno assunto Phil e Mason con altre scimmie a lavorare per loro per restaurare l' aereo, questi poi scacciano dalle jeep la comitiva della vecchina e altre che si riuniscono sotto il controllo dell' arcigna anziana signora. Marty e Alex litigano, mentre invece Gloria e Moto Moto sciolgono il fidanzamento, visto che lei non accetta che lui la apprezzi solo per la sua obesità, come se lei non fosse nessuno a parte quello per lui. Melman sicuro di morire ammonisce Moto Moto, e Gloria ode la sua confessione d'amore.
Arriva però il disastro. I turisti newyorkesi creano una diga sbarrando il fiume che dà acqua nella riserva e che è l' unica fonte di vita. Il guaio stà nel fatto che la diga è fuori della riserva e nessuno osa fuggire di lì. Alex non approvando il terribile piano di Makunga, il quale vuole lasciar morire di sete tutti gli animali decide di partire per scoprire l' orgine del guaio dando l' addio a Marty che riesce finalmente a distinguere dall' immensa colonia di zebre, dato che l' amico ha la cicatrice del morso che il leone gli ha dato nel precedente film. I due partono ma vengono assaliti dai newyorkesi, solo Marty riesce a fuggire, mentre Julien ha convinto tutti a fare un sacrificio per il ritorno dell' acqua nel tentativo di confondere le acque e impadronirsi della riserva.
Melman sentendo di essere vicino alla morte e non sapendo che Gloria si è scordata di Moto Moto, pensando di non avere scopi nella vita decide di offrirsi per il sacrificio. Gloria tenta di fermarlo ma ormai è tardi. Tutti sono su un vulcano pronti a gettarci dentro Melman. Il vecchio medico che si credeva morto rivela che la malattia che aveva avuto non è mai esistita. Gloria e Melman stanno per raggiungersi ma alla fine crolla la pietra, quando Melman sta per precipitare Gloria lo salva. I due promettono di sposarsi. Arriva però Marty che spiega della cattura di Alex. Intanto Makunga raggiunge Zuba e lo spinge ad uscire dalla riserva in cerca del figlio. Gloria e Melman per contrattare con i pinguini che stanno terminando l' aereo ma hanno una collutazione con le scimmie. Alla fine grazie a un compromesso l' aereo viene terminato.
Alex viene legato e preparato per l' arrostitura, fortemente voluta dalla vecchietta sua nemica giurata. All'improvviso Zuba sopraggiunge da un cespuglio e libera il figlio.I due si mettono a ballare,ma la vecchina cerca comunuque di ucciderli. Alla fine piomba l'aereo e le scimmie che li raccattano sono attaccate mano nella mano, formando una colonna e reggendo un cestello,e sono attaccate anche all' aereo. La vecchina salita sul coronamento della diga viene tramortita e nascosta nel cestello mentre la diga distrutta. Nel frattempo nel vulcano Julien si lamenta che purtroppo tutti sono fuggiti per salvare Alex dimenticando il sacrificio. Arriva però Mortino che facendosi inseguire dallo squalo, frena, e si fa oltrepassare dallo squalo che precipita nella lava completando il rito sacrificale. I tre osservano e vedono il ritorno dell' acqua : il sacrificio è funzionato. La storia però termina con un imbroglio fatto ai danni di Makunga: Alex dona a lui la borsetta della vecchina che spunta dal cestello, lo tramortisce e se lo trascina lontano. Alla fine si sposano Skipper e la bambolina che partono per Montecarlo in luna di miele. |
