Christopher John Francis Boone è un ragazzo di 15 anni affetto dalla sindrome di Asperger, una forma di autismo. Christopher è dotato di straordinarie competenze logico-matematiche, ma ha difficoltà a stringere relazioni con le persone. Odia il giallo e il marrone, ama il rosso. Ha una memoria formidabile e conosce a memoria i numeri primi fino a 7507. Vive con suo padre in una cittadina dell'Inghilterra chiamata Swindon, poco distante da Londra. Una sera trova il cane - Wellington - della vicina, la signora Shears, morto, trafitto da un forcone. Decide così di indagare per scoprire l'assassino, come il suo eroe Sherlock Holmes è in grado di fare. Suo padre ha sempre detto a Christopher che sua madre era morta per una malattia al cuore, ma un giorno il ragazzo rinviene delle lettere nella camera del padre spedite dalla madre datate mesi dopo la sua presunta morte. Christopher scopre così che la madre non è morta ma vive a Londra con l'ex vicino di casa, il signor Shears. Il padre gli confessa anche che è stato lui stesso ad uccidere Wellington in quanto voleva far soffrire la signora Shears. Christopher si spaventa e decide così di prendere un treno per Londra, dove troverà la madre. Alla fine ella rompe la relazione con il signor Shears e torna a vivere a Swindon, anche se non nella stessa casa dell'ex marito. Christopher passa gli esami di matematica a pieni voti e, nelle ultime righe del romanzo, spiegherà i suoi futuri progetti, quali iscriversi all’università e diventare uno scienziato.